匡亚明学院理科强化班本科学制四年，按学科群分为数学与信息科学、物理与天文学、化学与生命科学、交叉学科四大类，设有数学、计算机、天文、物理、生物物理、化学、生物、生物化学、脑科学与人工智能等九个学科方向，学生入学后可以按多次选择、逐步到位来确定自身的学科方向。理科强化班注重能力培养和宽厚的基础，课程教学力求与研究前沿结合，学生在本科阶段就逐步介入科学研究。
应用文科强化班（因学科调整，应用文科强化班于2013年起暂停招生 ）的课程设置充分依托和发挥南京大学相关学科的优势和资源，按照学科群组织教学，强调英语与应用文科之间的学科交叉和相互渗透，力求贯通本科与硕士研究生培养。在第一、二学年进行应用文科学科群基础知识训练，拓展国际化层面的知识视野，着重打好英语基础。第三、四学年强化专业学习，并开设部分双语课程，注重其专业技能、研究能力的提高，培养商贸、法律、新闻等方面涉外工作的新型应用文科人才。
理科强化班
（1）数学与信息类： 数学 计算机
（2）物理与天文类： 物理 天文
（3）化学与生命科学类： 化学 生物
（4）交叉学科类： 生物物理 生物化学 脑科学与人工智能
国际应用文科强化班（因学科调整，应用文科强化班于2013年起暂停招生 ）
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