出入境通行证和护照都是身份证件，但用途不同。
1、出入境通行证指的是港澳通行证、出入台湾通行证，这两种证件只能出入指定的特区。
2、护照是出入国境的有效身份证件，在出入国境和在国外时使用，到港澳不行。
出入境通行证和护照的区别
1、使用范围出入境通行证只能在两国边境指定的范围内通行。持护照可以自由出入境。
2、发证机关不一样，护照由县级以上移民局发放，边境通行证由所在关口边检大队办理。
3、证照的法律执行力不同。总之，边境通行证用于边境地区，护照全世界通行。
【法律依据】
《中华人民共和国出入境管理法》第九条
中国公民出境入境，应当依法申请办理护照或者其他旅行证件。
中国公民前往其他国家或者地区，还需要取得前往国签证或者其他入境许可证明。但是，中国政府与其他国家政府签订互免签证协议或者公安部、外交部另有规定的除外。
中国公民以海员身份出境入境和在国外船舶上从事工作的，应当依法申请办理海员证。
第十条 中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定。
第十一条
中国公民出境入境，应当向出入境边防检查机关交验本人的护照或者其他旅行证件等出境入境证件，履行规定的手续，经查验准许，方可出境入境。
具备条件的口岸，出入境边防检查机关应当为中国公民出境入境提供专用通道等便利措施。
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